生父为霍杜热旦，生母为查坚更嘎拉泽，火蛇年（1617）生于西藏穷结县羌巴日达孜， 拜恰斗.查仓巴和宿钦.却央让卓等大师学习《四部医典》、《宇妥心精》等医典，创建药王山医学利众院，新订规章制度，翻译印度、汉地经书并刻版付梓等，为藏医学发展创造了重要条件。
17世纪后满清入居中原，很快认识到“卫藏安而西北之边境安，黄教服而准蒙之番民皆服”的道理，积极推行“以教化导”的政策。清顺治年间，曾数次派要员赴藏迎请达赖喇嘛进京。顺治九年（1652），五世达赖阿旺· 洛桑嘉措应召进京，得到清廷殊礼，赏帑银9万两为供养，修建西黄寺作为驻锡，正式策封五世达赖为“西天大普自在佛统领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”的封号，承认达赖喇嘛的格鲁派在藏传佛教中的地位。此外，清廷赏赐大量金银丝帛在各地修建格鲁派寺院，并拨给一定数量的田庄和佃农来供养寺院，从而大大提高了格鲁派在诸派中的威望，使许多他派寺院纷纷改宗，投奔到格鲁派门下，格鲁派势力日益鼎盛，达赖喇嘛的甘丹颇章政权政局更加稳定。作为宗教领袖的五世达赖在大力弘扬佛法的同时，认识到医学更能直接地为民解除病痛，普渡众生，赢得民心，因此十分重视藏医药事业的发展，特别是在藏医教育方面采取了许多重大措施，推动藏医药学进入繁荣时期。
五世达赖首先率先重范习研藏医，先后延请查仓巴博士为自己讲释《四续》、《千万舍利子》、《贡曼验方》等经典医著；聆听宿钦· 却雍让卓等诸多名师讲藏医的精髓；邀隆敦·南加多杰讲授人体投影等。不但自己掌握了丰富医学知识，而且为社会营造了藏医学习的浓厚气氛。之后在几座重要佛教寺院中兴办医学经院，如在拉萨哲蚌寺西宫创立“索日桌盘林”（医学利众院）的曼巴扎仓、布达拉宫的夏钦觉和玉嘉觉及桑普尼玛塘寺创建藏医学堂、恢复日喀则“章松堆贝林”（仙人云集院）的藏医学堂等。钦派最有名望的藏医大师或自己的保健医生仲钦·洛桑嘉措、强欧·囊索达杰、查戒巴、达莫·曼然巴等去主持教学和管理工作。同时，授旨亲传弟子摄政王第司·桑杰嘉措等主持修订扎塘版《四续》并重新刻板印刷，被称为拉萨版《四续》，亲自为之作序，做为藏医的统一教材。另外令第司·桑杰嘉措对偈颂体《四续》进行通俗注释，编纂了权威注释本——《蓝琉璃》、《秘诀部补遗》等；出资刻板印刷了苏喀·洛哲杰布等人编纂的另一部著名注释本——《祖先口述》；令桑杰嘉措组织全藏区名画师绘制藏医药“唐卡”（教学挂图）79幅，为形象直观教学创造了良好的条件。教学上注重理论与实践结合，规定每年夏秋季到贡布曼朗和森买拉、蜇亚巴等高山采药、认药；选派学业优秀的学员到各学堂门诊坐堂看病，上门贫民区免费诊治患者，以此锻炼学员们的实践能力。通过一系列教学措施，培养出了一大批人才，促进了藏医药的传播和发展。
